某工程招标文件的投标须知中投标报价原则是要求施工组织措施项目清单中标后，施工组织措施项目费用包干使用，结算时不再调整。而招标文件的投标须知中结算原则是组织措施费按投标报价费率计算，但该费率不得高于国家规定的费率，否则按规定的费率结算，组织措施费按投标报价计算，结算时不做调整。

在签订的施工合同中结算原则是组织措施费按投标报价费率计算，但该费率不得高于国家规定的费率，否则按规定的费率结算。该工程变更很多，且变更大的有基础结构形式由旋挖桩变为筏板及独基。请问施工组织措施费如何结算才合理合法？

这个项目招标文件的投标须知中“投标报价原则”与“结算原则”的要求不一致，施工组织措施项目费的“投标报价原则”是总价包干，“结算原则”又是按照费率计算，且高于国家规定的费率时要按规定调整。根据存在冲突的招标文件进行投标，投标人无论按照哪个原则投标其实都是符合招标文件要求的。而当事人在签订的施工合同中又约定组织措施费按投标报价的费率计算，这样约定的本身也不违背招标文件，因此严格来说这种情况也不构成黑白合同，应当认定该施工合同合法有效。根据合同的约定，结算该按照不高于国家规定的费率进行结算。如果合同履行过程中工程发生了很大的变化，根据《清单计价规范》中的规定，因设计变更导致施工方案发生变化并导致措施项目发生变化的，双方可以调整合同价款。